2005年12月，中国医科大学为响应“振兴东北老工业基地”的伟大号召，根据社会和教学、科研及学科发展的实际需要恢复成立了药学院。建院以来，在党和政府的重视和关怀下，在中国医科大学大力扶植下，确立了以药学学科整体建设为基础、以临床药学为特色的发展方向。学院内涵建设健康发展、综合能力逐步提升，为培养***、高素质和高水平的医药学人才做出了卓越的贡献。
中国医科大学药学学科1940年创建于延安，其中药理学科于1978年获首批硕士学位授权学科，于1993年获东北三省第一个博士学位授权学科。学院现有药学博士后科研流动站、药学一级学科博士学位授权点、药学一级学科硕士学位授权点(下设药物化学、药剂学、生药学、药物分析学、微生物与生化药学、药理学6个二级学科授权点)和药学专业学位硕士学位授权点，其中选药理学科为辽宁省重点学科。2017年，药学一级学科入选“辽宁省一流学科”。
学院下设药物化学、天然药物化学、药剂学、生药学、药物分析学、微生物与生化药学、药理学、临床药理学、药物毒理学等9个专业教研室，天然药物、生物制药、合成药物与仿生药物、神经内分泌药理、离子通道药理、中药药理等6个研究室(实验室)，在三个附属综合性医院设有3个临床药学教研室，另有有1个省级实验教学示范中心-临床药学实验教学中心、1个省级虚拟仿真实验教学中心-临床药学虚拟仿真实验教学中心、1个省级大学生创新创业教育基地—辽临床药学创新创业教育基地、1个省级研究生实践基地—药学医药协同与创新实训规范化培训基地、1个生物制药研究所，另外还设有党政办公室、人才培养与学科科研管理办公室、学生工作办公室(共青团中国医科大学药学院委员会)3个行政科室。
学院学术氛围浓厚，科研工作深入扎实。在药理与毒理学、临床药学、药物新剂型设计与评价、药物代谢和药物动力学、创新药物的合成与筛选、中药与天然药物药效物质基础和质量标准等领域的研究工作不断深入。目前建有国家中医药管理局批准的中医药科研三级实验室2个，二级实验室3个;辽宁省分子靶向抗肿瘤药物药理学研究与评价重点实验室 1个;辽宁省教育厅高等学校创新团队1个。 另外还成立了“中国医科大学创新药物与精准医学国际研究中心”，与美国芝加哥大学、美国科罗拉多大学、美国宾夕法尼亚州立大学、美国辛辛那提大学、美国梅奥医学中心、美国德州大学等国内外顶尖专家合作，在逆转肿瘤免疫逃逸的抗肿瘤新靶点以及研发靶向个性化新药等方面进行深度合作。
