中山大学药学院是原中山大学和中山医科大学两校合并后于2002年6月成立的第一个学院。学院以中山大学生命科学学院药学系为基础，整合了化学与化学工程学院以及中山医学院相关药学资源，以中山大学的综合力量为依托组建而成。
2017年中山大学入选36所A类一流大学建设高校之一，学校共11个学科入选 “双一流”建设学科名单，药学学科名列其中。2017年，中山大学药学学科在教育部公布的第四轮学科评估中获A-，较第三轮学科评估排名显著提升。2018年3月，ESI “药理学和毒理学”排名全球132位(前0.5%)，国内第8位;2018年1月，QS“药学与药理学”(Pharmacy & Pharmacology)排名全球151-200位，国内第7位 ;2018年1月，US news“药理学与毒理学”(Pharmacology
&Toxicology)排名全球第57位，国内第6位;2017年6月，ARWU“药学与制药科学”(pharmacy & Pharmaceutical Sciences)排名全球76-100位，国内第5位。
建院以来，学院累计到位科研经费高达6.1亿余元，共承担纵向科研项目750余项，其中，获国家重大新药创制专项资助15项，重点研发计划资助3项;获得欧盟第7框架项目1项、科技部国际合作项目4项、国家自然科学基金重大国际合作研究项目1项。另有国家自然科学基金重点项目2项、优秀青年科学基金项目3项;承接横向课题700余项。发表学术论文2300余篇，其中SCI收录论文1340余篇;获得授权专利210余项;获得广东省科学技术奖一等奖2项、二等奖1项、三等奖1项;教育部自然科学奖二等奖1项。
学院现为国家药学一级学科博士学位授权单位和博士后流动站，拥有国家二级重点学科“药理学”及广东省一级重点学科“药学”，拥有2个国家级平台基地，8个省部级中心实验室，4个厅局级工程中心。
