上海交通大学药学院成立于2000 年2 月26 日，由上海交通大学和上海医药工业研究院共建，是上海交通大学的二级学院。药学院传承上海交通大学追求卓越的信念，以建设世界一流药学院为奋斗目标，践行知识传授、能力建设、人格养成和价值引领的“四位一体”人才培养理念;以本科教育为立院之本，以研究生教育和科研为强院之路，充分发挥学科齐全、研究力量雄厚的优势，坚持教学和科研并重，培养综合素质高、专业知识面宽、业务能力强、具有竞争力的研究型和创新型药学领域人才。
药学院建院以来，本着“构建完整的药学研究体系，在新兴领域异军突起”的发展方针，经多年发展和优化整合，在学科建设上取得了显著成绩。目前，药学院拥有药学一级学科博士点、博士后流动站;药学、中药学一级学科硕士点;药学、制药工程专业硕士学位点，药学、临床药学本科学位点;其中，药学一级学科包含药剂学、药理学、药物化学、药物分析学、微生物与生化药学、生药学、临床药学、药事管理等8个二级学科。2016年，在教育部第四轮学科评估中，药学学科进入A类学科，2017年被列为国家“双一流”建设学科;2017 US NEWS排名中，上海交大药理学与毒理学名列第28名，目前ESI药理学与毒理学排名稳居全球前千分之一，成为我国少数几个药理与毒理学科进入国际ESI排行榜前千分之一的学校。
药学院拥有“细胞工程及抗体药物”教育部工程研究中心、国家中医药管理局三级实验室、国家“重大新药创制”技术平台、“临床评价研究技术平台-临床药物动力学和药物代谢组”建设点、上海市高校生物技术和抗体药物重点实验室、上海市手性药物分子工程重点实验室、上海市大分子生物药物公共技术服务平台等重要平台，承担了国家重大科学研究计划、“973计划”、国家“重大新药创制”重大专项、“863计划”等众多国家及省部级重大重点项目、国内外横向合作项目。近六年来，授权发明专利百余项，发表SCI论文500 余篇，其中在Science，Nature Review Drug Discovery，Journa1 of Proteome Research，Cancer Research 等国际顶级期刊发表了数十篇有较大影响的学术论文。
